ที่ประชุมสภามหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ เมื่อวันที่ 17 มีนาคม 2555 ได้มีมติเห็นชอบให้ดำเนินการกราบบังคมทูล เพื่อทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ แต่งตั้ง รองศาสตราจารย์ ดร.ชูศักดิ์ ลิ่มสกุล เพื่อดำรงตำแหน่งอธิการบดีมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ตั้งแต่วันที่ 1 มิถุนายน 2555 โดยมีวาระการดำรงตำแหน่ง 3 ปี ทั้งนี้เป็นการดำรงตำแหน่งต่อจาก รองศาสตราจารย์ ดร.บุญสม ศิริบำรุงสุข อธิการบดีมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ที่จะครบวาระการดำรงตำแหน่งในสมัยที่สอง ในวันที่ 31 พฤษภาคม 2555
          รองศาสตราจารย์ ดร.ชูศักดิ์ ลิ่มสกุล รองศาสตราจารย์ ระดับ 9 ภาควิชาวิศวกรรมไฟฟ้า คณะวิศวกรรมศาสตร์ สำเร็จการศึกษา Diplome de Docteur-Ingenieur และ Diplome d'Etudes Approfodies สาขาอิเล็กทรอนิกส์ จาก Institut National Des Sciences Appliquees de Toulouse ประเทศฝรั่งเศส และ ระดับปริญญาตรี วิศวกรรมศาสตรบัณฑิต สาขาวิศวกรรมไฟฟ้า(อีเล็กทรอนิกส์ ) จากสถาบันเทคโนโลยีพระจอมเกล้า วิทยาเขตเจ้าคุณทหารลาดกระบัง เริ่มเข้ารับราชการที่มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ในตำแหน่งอาจารย์ ภาควิชาวิศวกรรมไฟฟ้า คณะวิศวกรรมศาสตร์ ตั้งแต่เดือน ธันวาคม 2521
          รองศาสตราจารย์ ดร.ชูศักดิ์ ลิ่มสกุล เคยดำรงตำแหน่งรักษาการผู้อำนวยการศูนย์เครื่องมือวิทยาศาสตร์ หัวหน้าภาควิชาวิศวกรรมไฟฟ้า รักษาการแทนคณบดีสำนักวิชาวิศวกรรมศาสตร์และทรัพยากร มหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์ คณบดีคณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ และ ปัจจุบันดำรงตำแหน่งรองอธิการบดีฝ่ายวิจัยและบัณฑิตศึกษา
          สำหรับหน้าที่พิเศษอื่นๆ เคยรับหน้าที่ประธานวิศวกรรมสถานแห่งประเทศไทย สาขาภาคใต้ รองประธานชมรมวิจัยวิศวกรรมชีวการแพทย์ และกำลังดำรงตำแหน่งกรรมการสภาวิชาการ มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ และกรรมการสภามหาวิทยาลัยเซนต์จอห์น
          สำหรับยุทธศาสตร์การพัฒนามหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ในวาระที่ดำรงตำแหน่ง คือในระหว่างเดือนมิถุนายน 2555 ถึง พฤษภาคม 2558 รองศาสตราจารย์ ดร.ชูศักดิ์ ลิ่มสกุล วางเป้าหมายที่จะนำมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ไปสู่ความเป็นมหาวิทยาลัยชั้นนำของอาเซียน โดยมีการผลิตบัณฑิตที่มีคุณภาพ และเตรียมพร้อมที่จะเข้าสู่การเรียนรู้ในศตวรรษที่ 21 และการเข้าสู่ประชาคมเศรษฐกิจอาเซียนในปี 2558 พร้อมทั้งการผลิตผลงานวิจัยที่มีคุณภาพและเป็นที่พึ่งของชุมชน โดยการนำผลงานวิจัยและพัฒนาไปใช้ประโยชน์เพื่อพัฒนาพื้นที่ให้เป็นสังคมแห่งปัญญา หรือสังคมความรู้อย่างยั่งยืน รวมทั้งการนำไปใช้ประโยชน์เพื่อยกระดับความสามารถในการแข่งขันของภาคเอกชนในระบบเศรษฐกิจฐานความรู้
         การที่จะขับเคลื่อนมหาวิทยาลัยไปในทิศทางดังกล่าว จำเป็นต้องมียุทธศาสตร์ในการขับเคลื่อน 4 ด้าน คือ ยุทธศาสตร์เพื่อพัฒนาทรัพยากรให้มีความมั่นคงและเพียงพอ ยุทธศาสตร์เพื่อพัฒนาระบบที่ทรงประสิทธิภาพที่เอื้อต่อภารกิจหลักทั้ง 4 ด้าน ยุทธศาสตร์องค์กรสัมพันธ์และเครือข่ายเพื่อสร้างเครือข่ายและพันธมิตรในการยกระดับชื่อเสียงของมหาวิทยาลัย และ ยุทธศาสตร์การบริหารมหาวิทยาลัยระบบวิทยาเขตเพื่อขับเคลื่อนระบบ PSU System