ตามที่ได้เกิดอุทกภัยขึ้นในหลายจังหวัดของประเทศไทยมาตั้งแต่กลางเดือนตุลาคมที่ผ่านมา มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ วิทยาเขตปัตตานี จึงได้จัดตั้งศูนย์รับบริจาคเพื่อนำเงินไปช่วยเหลือประชาชนผู้ได้รับความเดือดร้อนตั้งแต่วันที่ 26 ตุลาคม ที่ผ่านมา โดยได้นำเงินบริจาค จากบุคลากรและนักศึกษา ยอดแรกเป็นเงิน 5,000 บาทไปมอบให้ท่านผู้ว่าราชการจังหวัดปัตตานี เมื่อวันที่ 27 ตุลาคม 2553 ต่อมาเมื่อทราบว่าจะมีพายุดีเปรสชั่นเข้าสู่จังหวัดปัตตาน ีในค่ำวันที่ 1 พฤศจิกายน 2553 มหาวิทยาลัยจึงได้ตั้งศูนย์อำนวยการ ให้ความช่วยเหลือขึ้น ณ งานประชาสัมพันธ์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ วิทยาเขตปัตตานีโดยเปิดทำการ 24 ชั่วโมง หลังจากพายุพัดถล่ม เมื่อเวลาประมาณ 18.00 น. ทำให้เสาไฟฟ้าภายในมหาวิทยาลัยหักโค่นลง รวม 20 ต้น ต้นไม้ใหญ่โค่นล้มมากกว่า 100 ต้น ทำให้มีน้ำท่วมทั้งมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ วิทยาเขตปัตตานี สูงเฉลี่ยประมาณ 70-80 เซนติเมตร ทำให้ไม่สามารถเดินรถได้ เหตุการณ์ดังกล่าวทำให้ภายในมหาวิทยาลัย ไม่มีไฟฟ้า และน้ำประปาใช้
        ในวันที่ 2 และ 3 พฤศจิกายน 2553 มหาวิทยาลัยฯจึงได้จัดทำอาหารเลี้ยงนักศึกษาที่ได้รับผลกระทบจากภาวะน้ำท่วม โดยจัดทำอาหารประมาณ 6,500 ห่อ นอกจากนี้ในวันที่ 2 พฤศจิกายน 2553 มหาวิทยาลัยฯยังได้รับการประสานให้ความช่วยเหลือจากหน่วยฉพาะกิจที่ 23 จังหวัดปัตตานี นำกำลังพลประมาณ 30 นาย ร่วมกับบุคลากรมหาวิทยาลัย เข้ามาช่วยเก็บกู้ต้นไม้ที่หักพาดเสาไฟฟ้าแรงสูง และหน่วยพัฒนาการเคลื่อนที่ 44 หน่วยบัญชาการทหารพัฒนา กองบัญชาการกองทัพไทยนำโดย พันเอกเดชา พันธมิตร ผู้บังคับการปัตตานี หน่วยพัฒนาการเคลื่อนที่ 44ได้นำกำลังพลร่วม 50 นาย พร้อมน้ำดื่ม และเรือท้องแบนเข้ามาให้ความช่วยเหลือ และเก็บกู้ต้นไม้ที่หักโค่น หลังจากนั้นการไฟฟ้าจังหวัดปัตตานี ได้เข้ามาแก้ไขระบบไฟฟ้าแรงสูง รวมถึงหน่วยปฏิบัติการสูบน้ำที่ 7.3 กรมชลประทาน จังหวัดปัตตานี ก็ได้เข้ามาช่วยฟื้นฟูทำให้มหาวิทยาลัยสามารถเข้าสู่ภาวะปกติได้อย่างรวดเร็ว แต่ทั้งนี้ระบบไฟฟ้าคงต้องใช้เวลาซ่อมแซมต่อไปอีกระยะหนึ่งจึงจะสามารถจ่ายกระแสไฟฟ้าได้อย่างสม่ำเสมอทั่วทั้งมหาวิทยาลัย นอกจากนี้ในวันเสาร์ที่ 6 พฤศจิกายนนี้ ศูนย์อาสาประชาชนฟื้นฟูภัยพิบัติ(ศอบ) ยังได้นำอาหาร และเครื่องอุปโภคบริโภคส่งมาทางเครื่องบินมาร่วมกับมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ เพื่อนำไปช่วยเหลือประชาชนที่ได้รับผลกระทบจากวาตภัย และอุทกภัยในครั้งนี้อีกด้วย

        ทั้งนี้ความเสียหายที่มหาวิทยาลัยได้รับ ยังทำให้อาคารสำนักงาน และอาคารเรียนหลายหลัง หลังคาชำรุด มีน้ำท่วมขัง อุปกรณ์อีเล็กทรอนิกส์ และเครื่องคอมพิวเตอร์ ชำรุดเสียหาย กระจกสำนักงานแตก และอยู่ในช่วงการประเมินความเสียหาย จึงมีความจำเป็น ต้องประกาศหยุดการเรียนการสอนระหว่างวันที่ 2-7 พฤศจิกายน 2553.